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正在3000例液体活检中海普洛斯创造了什么

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正在3000例液体活检中海普洛斯创造了什么

正在3000例液体活检中海普洛斯创造了什么

  cfDNA 的起始序列有着其特有的模式,大规模的统计数据十分恒定,表明着它的断裂多来自于酶切效应。 我们首先做的是超量捕获、平行扩增。血液里的DNA不多,需要尽可能把它抓出来,抓得越少,越可能产生假阴性,所以我们做了很多的超量捕获的方法,研发了许多试剂盒。 7月15日,海普洛斯联合创始人兼CTO陈实富博士在由火石创造发起的 “ 走进金域:揭秘分子诊断领域的风起云涌 ” 沙龙上,分享了海普洛斯在3000例液体活检中获得的实践经验,并分析了CTCctDNA外泌体的技术现状和应用情况。 经过分析,发现它的主要长度的峰值在167个bp左右,刚好是绕核小体一圈的长度。使用2*150的pair-end测序,会发现绝大多数是重叠序列。基于重叠序列我们可以做很多分析。 混合测序:可用于靶向药测序和复发检测。单细胞测序:单细胞测序的成本会比较高,但是是一个很精确的分型。这个方向在未来可能会成为主流。体外培养:培养出来的细胞可用于样本实验、癌症辅助诊断、癌症治疗。CTC计数:可用于早期诊断、复发监测等。 这里选了三十个点,最高的比例是17.2%,绝大部分都在1%-2%的水平。怎样把超低频率的DNA变异检测出来,这是我们的技术核心所在。 我们已经开发了超过10个软件。我们在做肿瘤检测的时候,更关注超低频突变。怎么样去除测序的错误和噪声,这其实是一个很难但很关键的问题。所以我们做了一个全自动质控和数据过滤平台,重新写过了流程和代码,过滤掉一些测序错误。同时,我们做了OpenGene,这是一个基础库。还做了检测融合的FusionrDiect、变异扫描的MutationScan和模拟测序的软件,包括SeqMaker。 cfDNA是指所有存在于血液中的游离DNA片段。只有经过测序分析之后,才能找出其中来自肿瘤细胞的ctDNA。我们大概测了3000例cfDNA,有很多统一的数据,可以跟大家分享几个真相。 癌症诊断是一个很大的工程,需要结合临床知识、生物知识、基因组知识。在我们开发的一个知识库系统(HaploX)里输入变异,就能自动反馈治疗、检测、监测等一系列方法。同时,我们也开发了很多存储、分布式计算、知识存储的系统,以及全流程测序平台管理,我们称为HapLab。 另外一种方法是物理方法。微流控分选基于肿瘤细胞比白细胞大的原理,让白细胞通过小孔,肿瘤细胞则通不过,从而留下肿瘤细胞。 这也是我们的梦想。基于肿瘤基因大数据和机器学习,可以明确受测者是否患上肿瘤,甚至可以精确到患什么肿瘤。 首先,讲讲CTC技术。肿瘤完成了近端浸润之后,有一些脱落的CTC跑到远端,形成远端转移。如果我们能够更早、更准确地检测CTC,就可以更快地诊断癌症、预测转移。 第一,DNA量很少。一般不超过8毫升血。第二,DNA容易降解。第三,变异丰度很低。一般来说会低于1%,甚至到万分之一、千分之一的级别。第四,测序错误。测序错误可达千分之一。第五,分析错误。比对、VarCall可导致假阳性。第六,解读困难。测完之后要结合临床、结合医生知识、结合生物知识、结合大数据、结合模型、结合数据库,才能给出一份全面准确的报告。实践经验分享 2019-09-16火石创造发布了 《本溪生物医药产业大数据平台上线发布,火石创造用数据智能助力产业振兴》的文章 2019-09-16火石创造发布了 《跨越2000公里的携手!长春新区与火石创造签约,推动浙吉两省创新合作》的文章 我们发起的OpenGene的开源项目,已经包含了超过8个子项目。包括刚刚说的测序质控管理、AfterQC、OpenGene,还有融合检测,还有SeqMaker,都是里面的一部分开放代码。 健康人cfDNA的浓度并不比肿瘤患者低很多,而且从中同样可以检出基因突变。要准确区分这两者,需要更好的方法。 2019-09-16火石创造发布了 《国家调研组中国科学院院士芮筱亭一行莅临火石创造实地调研》的文章 根据cfDNA的变异特征和比例,我们可以预测预后情况,同时监测转移情况。 一种方法是生物化学方法,比如磁珠富集法。阳性分选主要是把肿瘤细胞吸下来,阴性分选主要是把白细胞吸下来。但是,血液里面除了肿瘤细胞、白细胞之外,还有别的细胞。所以,可能特异性不会很好。 对于肿瘤患者,cfDNA中的ctDNA,通常占比十分小,属于超低频突变。 刚刚提到测序是会有错误的,变异率大概在千分之一到百分之一的水平,那到底如何区分真正的肿瘤变异和测序错误呢?这是很难的一个问题,我们也用了很多方法改进。从一开始使用常规的ctDNA测序,到后面使用QctDNA测序,到最后采用单分子编码测序。经过这些改进,我们已经可以更准确地获取变异,区分它是真阳性还是假阳性。 再讲讲外泌体。外泌体比整个细胞小很多,包含很多蛋白、microRNA、RNA、DNA、小抗体和受体等大分子。它有很丰富的信息,但是提取很难。目前,提取的方法分为几种。一种是离心法,包括超速离心和密度梯度离心。另外就是磁珠免疫法、PEG沉淀法。但是,以上这些方法,会慢慢被操作简单的试剂盒提取所取代。 外泌体可以用于DNA测序、RNA测序、蛋白分析,甚至是microRNA测序。目前,外泌体从血液很难捕获到,但在单体里我们可以尝试。整个领域现在还属于比较前沿的状态。 2015年的7月,我们跟深圳市人民医院发起了万人癌症基因组测序计划,这是国内的首个大型计划。这个计划我们已经测完超过3000个人。以后,我们会建立一个万人的癌症数据库。 2019-09-16火石创造发布了 《这场会议院士“组团”参加,火石创造获“中国科技创新领军企业”!》的文章 2019-09-16火石创造发布了 《第二届中国药品安全技术大会:火石创造发布《日照经开区生物医药产业报告》》的文章 今年3月份,我们拿了一个深圳市政府的项目——做一个中国人自己的癌症数据库。由深圳市科创委支持几百万,我们自己再投入几千万,去搭建这个癌症基因大数据平台。我们会把更多的测序数据,结合临床的表型数据,去做挖掘和信息分析,然后融合成数据库,物流配送中央中邦物流业,再将有用的信息开放给行业里合适的机构。

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